目的タンパク質のC末端とN末端のどちらにタグを融合させるかは、そのタンパク質によります。つまり、どのように折り畳まれるのか、選択した末端に機能的な必要性があるかどうかに大きく左右されます。例えば、C末端がタンパク質内に折り畳まれる場合、融合タンパク質のシグナルを検出できる可能性は低いです。あるいは、翻訳後にタグが融合している末端で切断される場合、タグは目的タンパク質から除去されます。

参考資料がある場合や新規に実験を行う場合、C末端とN末端にタグ付けしたものを両方用意し、どちらが最適か決めることをおすすめします。ある研究グループによると、C末端にタグ付けされた融合タンパク質の方が、N末端にタグ付けされた融合タンパク質よりも、目的の細胞内コンパートメントに局在すると報告されています。ただし、C末端にタグ付けされたタンパク質は想定どおりに局在し、機能する傾向はあるものの、常に想定どおりになるとは限らない点にご注意ください。免疫蛍光染色により、融合タンパク質が正確に局在しているか確認できます。イムノブロット法は、融合タンパク質が正しいサイズで、想定されたレベルで発現していることを確認するのに役立ちます。共免疫沈降法は、融合タンパク質が既知の基質とどのように相互作用するか、評価するのに役立ちます。

参考文献

Palmer, E. & Freeman, T. 逆トランスフェクションマイクロアレイを用いた細胞内局在研究のためのC末端およびN末端GFP融合タンパク質の使用に関する調査。 報酬おもしろい。ゲノミクス 5、 342–353 （2004）。
Snapp, E. Fluorescent proteins: a cell biologist's user guide. Snapp、E.蛍光タンパク質：細胞生物学者のユーザーガイド。 Trends Cell Biol. 19の略称の略称、 649–655 (2009)。
Chen, X., Zaro, J. & Shen, W. Fusionタンパク質リンカー：特性、デザイン、機能性。 Adv. 薬剤抽出 Rev. 65, 1357–1369 (2013).